Jefferson Bourbon blev skabt i 1997 af Trey Zoeller, som er iværksætter og bourbon ekspert. Trey er født og opvokset i Kentucky og kommer fra en familie med et stærkt forhold til bourbon. Treys far var f.eks. bourbon historiker og en tipoldemor, som i 1799 blev anholdt for at smugle moonshine.
I 2005 blev brandet købt af Castle Brands. Jefferson har ikke eget destilleri, men opkøber forskellige fade rundt omkring, som de så blender til deres egen Jefferson Bourbon.